Międzywydziałowe Indywidualne Studia Humanistyczne utworzono w 1992 r. na podstawie projektu przedstawionego przez prof. Jerzego Axera ówczesnemu Rektorowi Uniwersytetu Warszawskiego prof. Andrzejowi Kajetanowi Wróblewskiemu.  Studia te uruchomiono z myślą o osobach obdarzonych niespokojnym umysłem, dociekliwych i refleksyjnych,  a zarazem gotowych brać na siebie współodpowiedzialność za kształt i rytm swoich studiów. Taka forma studiowania, odchodząca od szkolnych schematów, wymaga od studentów dużej samodyscypliny oraz - na co wskazuje dotychczasowa praktyka - działa mobilizująco i w większym stopniu przynosi zadowolenie ze studiów. Wykształcenie nowoczesnego humanisty wymaga bowiem gotowości do stałego przekraczania granic wąskich specjalności i rozumienia języka dyscyplin pokrewnych. Ten rodzaj studiów zwiększa także umiejętność przystosowania się absolwentów Kolegium  MISH do zmiennych warunków na rynku pracy.

W ciągu 19 lat, które upłynęły od czasu powołania MISH, w toku zmian - jakie zaszły i wciąż zachodzą - w polskim szkolnictwie wyższym coraz wyraźniej ujawniała się zasadność powołania takiego modelu studiów, o czym świadczy przyjęcie wzorowanego na inicjatywie UW modelu MISH w czołowych uniwersytetach polskich:

Miarą sukcesu tych inicjatyw było powołanie do życia w roku 1999 międzyuniwersyteckiej ogólnopolskiej struktury pod nazwą Akademia „Artes Liberales”, która przeniosła doświadczenia MISH-ów na poziom studiów międzyuczelnianych.

Aktem prawnym określającym szczegółowe zasady funkcjonowania Kolegium MISH jako międzywydziałowej jednostki organizacyjnej jest Regulamin Kolegium Międzywydziałowych Indywidualnych Studiów Humanistycznych Uniwersytetu Warszawskiego, przyjęty Uchwałą 173 Senatu Uniwersytetu Warszawskiego z dnia 11 marca 1998 r. w sprawie nadania Regulaminu Kolegium Międzywydziałowych Indywidualnych Studiów Humanistycznych z uwzględnieniem zmian wprowadzonych Uchwałą 255 Senatu UW z dnia 20 czerwca 2007 roku w sprawie zmiany Uchwały nr 173 Senatu UW z dnia 11 marca 1998 r. w sprawie nadania Regulaminu Kolegium Międzywydziałowych Indywidualnych Studiów Humanistycznych.

Działalność Kolegium MISH koordynuje Instytut Badań Interdyscyplinarnych „Artes Liberales” (dawniej Ośrodek Badań nad Tradycją Antyczną w Polsce i Europie Środkowowschodniej UW) - podstawowa jednostka organizacyjna Uniwersytetu Warszawskiego.

Za innowacyjność w zakresie organizacji studiów i badań humanistycznych OBTA (dziś IBI AL) otrzymała dwukrotnie szczególnie zaszczytną nagrodę Hannah Arendt Prize (w roku 1999 i 2001 „za najciekawsze rozwiązania w zakresie nauki i dydaktyki”). 26 kwietnia 2002 r. w prestiżowym czasopiśmie „The Chronicle of Higher Education” ukazał się artykuł poświecony rozwojowi edukacji „liberalnej” w Europie Wschodniej, w którym wiele miejsca poświęcono MISH, zwracając  uwagę na nowatorski charakter tej formy kształcenia akademickiego. Kolegium MISH znalazło się wśród dziesięciu najlepszych miejsc do studiowania w rankingu „Polityki” („Polityka nr 37 (2722), 12 września 2009).